ヴェルナー３世（Werner III）とは、ドイツの君主・諸侯の名前。
- ヴェルナー３世 (ヴァラホ家) ： ドイツ中南部のフランケン貴族のヴァラホ家（Walaho-Haus）のヴェルナー２世の子、ヴェルナー４世の父。ヴォルムスガウ（ヴォームスガウ）伯およびシュパイアーガウ伯。カロリング朝のツヴェンツィボルト＝ツヴェンツィポルトの子であるザーリは妹の孫で、子のヴェルナー４世の養子となった。
- ヴェルナー３世 (ハプスブルク家) ： スイス北部の貴族で、ハプスブルク家のオットー２世（ヴェルナー２世の子）の子、アルプレヒト３世とオットー３世の父。ハプスブルク朝の祖のひとりにあたる。
- ヴェルナー３世 (ボーランデン家) ： ドイツ中西部のラインラント＝プファルツ地方の貴族のボーランデン家の当主でありヴェルナー２世の子でありヴェルナー４世の父で、マインツ辺境伯。