ヴェルナー3世(Werner III)とは、ドイツの君主・諸侯の名前。
- ヴェルナー3世 (ヴァラホ家) : ドイツ中南部のフランケン貴族のヴァラホ家(Walaho-Haus)のヴェルナー2世の子、ヴェルナー4世の父。ヴォルムスガウ(ヴォームスガウ)伯およびシュパイアーガウ伯。カロリング朝のツヴェンツィボルト=ツヴェンツィポルトの子であるザーリは妹の孫で、子のヴェルナー4世の養子となった。
- ヴェルナー3世 (ハプスブルク家) : スイス北部の貴族で、ハプスブルク家のオットー2世(ヴェルナー2世の子)の子、アルプレヒト3世とオットー3世の父。ハプスブルク朝の祖のひとりにあたる。
- ヴェルナー3世 (ボーランデン家) : ドイツ中西部のラインラント=プファルツ地方の貴族のボーランデン家の当主でありヴェルナー2世の子でありヴェルナー4世の父で、マインツ辺境伯。